Gran parte dei nuraghi sono composti da camere a cupola sovrapposte, collegate tra loro da scale elicoidali ricavate all’interno della muratura. Alcuni di essi potevano avere fino a tre camere e raggiungere l’altezza di circa 25 metri. Le torri del nuraghe Genna Maria, forse a causa della scarsa qualità della marna, che implica fratture continue, sono formate da una sola camera e dovevano avere un’altezza di circa 5-6 metri. A causa dei crolli avvenuti già in antico le coperture delle torri non si sono conservate.
Lo spazio interno della torre centrale è molto angusto, le murature sono realizzate in blocchi informi di marna con piccole zeppe di pietra vulcanica a riempire gli spazi tra un concio e l’altro. L’aria e la luce provenivano dalla sola porta d’accesso. Problemi strutturali di questa parte dell’ingresso, visibili dall’interno, resero necessaria la realizzazione, sulla destra, di un pilastro di sostegno; all’esterno invece, si optò per un rifascio completo del prospetto frontale con la realizzazione di una piccola finestrina sopra l’architrave che impediva che il peso delle murature sovrastanti gravasse su di essa. All’interno del nuraghe sono stati trovati pochissimi frammenti di epoca nuragica, perché a partire dal IV sec. a.C., il monumento venne riutilizzato come santuario dedicato ad una divinità del ciclo agrario, forse Demetra, protettrice degli agricoltori. A partire dalla fine del VI secolo a.C., infatti, l’occupazione della Sardegna da parte dei cartaginesi comportò l’introduzione nell’isola dei culti punici; lo stesso culto di Demetra venne poi sostituito, in epoca romana, da quello di Cerere. I reperti archeologici rinvenuti all’interno della torre e nel cortile testimoniano il secolare impiego del nuraghe come luogo di culto: 650 lucerne votive, oltre 250 monete in bronzo, frammenti di unguentari e porta-profumi in vetro, manufatti in argento e perfino una piccola mascherina in oro, descrivono l’utilizzo della torre centrale come spazio per la deposizione di oggetti votivi. Nel cortile, invece, tracce di alterazione della pietra dovute ad esposizione continua al fuoco e resti di ossa di animali carbonizzate testimoniano l’uso di quest’area per rituali e sacrifici cruenti.